پيشينه ساز سه‌تار ريشه در سازهاي باستاني عود و تنبور دارد و در بررسي‌هاي تاريخي آن را هم‌خانواده سازهايي مانند دوتار و تنبور مي‌دانند، اما سه‌تار امروزي از نظر ساختار، پرده‌بندي و شيوه نوازندگي شباهت زيادي به تار دارد. در برخي نگاره ها و آثار سفالي كشف شده در شهر باستاني شوش، نشانه‌هايي از سازي مشابه سه‌تار ديده شده است كه قدمتي چهار هزار ساله را بيان مي‌كند (حدود دو هزار سال قبل از ميلاد مسيح)، اما قديمي‌ترين نمونه‌هاي باقي‌مانده از اين ساز ايراني متعلق به قرن يازدهم هجري‌ (حدود چهارصد سال قبل) است. سه‌تار را يك ساز ملي، و نه قومي، مي‌دانند، چرا كه به فرهنگ عمومي ايراني تعلق دارد. گفته مي‌شود كه در قديم، سه‌تار بيشتر در ميان طبقه اعيان و اشراف و شاهان و شاهزادگان خواهان داشته، اما ميزرا عبدالله فراهاني (از اساتيد برجسته موسيقي ايراني در دوره قاجار) با شروع آموزش اين ساز در كلاس درس، به تدريج آن را به سازي متداول براي همگان تبديل كرد.